J'ai résolu mon probleme des modules qui se trouve dans le fichier /etc/modules qui ne démarraient pas au démarrage.
J'ai purgé le package module-init-tools et je l'ai réinstallé.
J'ai aussi supprimé, réinstaller modutils modconf, donc je ne sais pas trop à partir de quand j'ai résolu le problème.
Mais sinon pour ceux qui auront un problème similaire :

apt-get remove --purge module-init-tools
apt-get install module-init-tools/unstable modutils/unstable modconf/unstable